Reservado para os últimos meses da gravidez, o ultrassom morfológico 3º trimestre deve ser feito entre a 28ª e a 32ª semana. É quando a estimativa de peso e crescimento é mais minuciosa. No primeiro trimestre, recomenda-se realizar o ultrassom morfológico entre a 11ª e a 14ª semanas, principalmente entre a 12ª e 13ª semana.

O ultrassom morfológico de primeiro trimestre idealmente deve ser realizado em uma fase bem específica da gestação, com 12 semanas (de 12 semanas e 0 dias a 12 semanas e 6 dias). A ecografia morfológica de segundo trimestre é realizada preferencialmente entre 20 e 24 semanas e avalia detalhadamente a anatomia fetal, identificando malformações.